機能性ディスペプシアは、胃の働きが弱く、消化ができない病気であり、治療は主に一般治療と薬物治療による。
1.一般治療：良い生活習慣と食習慣を身につけ、非ステロイド性抗炎症薬の服用を避け、規則正しい生活を送り、十分な睡眠と良好な精神状態を確保し、運動を心がけて体力を強化する。
2.薬物治療：一般的に使用される薬物は、ドンペリドン、モサプリドなどの消化管動態を促進する薬物、消化を助ける消化酵素製剤、精神症状を伴う場合は、パロキセチンなどの抗うつ薬を補充する。
機能性ディスペプシアは、生活習慣の改善や食生活の調整などによって予防することが可能であるが、不快な症状が現れた場合には速やかに医師の診察を受け、医師の指導のもとで治療・調節を行うことが望ましい。 上記の薬剤は医師の指導のもとに使用する。