臨床診断とは、患者の状態や病態を医師が診断することであり、病理診断書には記載されない。
病理報告書とは、患者の病変部位から採取した組織を凍結切片や染色などの工程を経て、病理医が顕微鏡で観察し、病理結果を文書で報告するものである。 臨床診断は一般的に臨床医が診察、カルテの収集、診断を通して行うため、病理報告書には記載されない。
病理報告書の内容は、主に生検組織の外観、細胞構造、病理学的変化を含み、良性か悪性かを問わず、一般的に病理医が報告し、確定診断を「病理診断」と呼ぶ。臨床診断は、病気の原因、病変部位の性質に基づいて、病理学的結果と組み合わせて、病気と治療過程を決定する。
病理報告書に記載された診断は病理診断以上に病理医の判断の結果であり、ほとんどの場合臨床診断と一致する。