牛痘ワクチンとBCGワクチンの違いは、予防する病気の種類が全く異なることです。 牛痘ワクチンは天然痘の予防に使われ、BCGワクチンは結核菌感染の予防に使われます。
BCGワクチンと牛痘ワクチンは2つの異なるワクチンです。
牛痘ワクチンは、牛の天然痘ウイルスによる急性感染症である天然痘の蔓延を防ぐために使用され、牛痘ワクチンを人体に接種することで、人体に天然痘ウイルスに対する抵抗力をつけることができます。
BCGワクチンは、弱毒化された牛の結核菌懸濁液から作られた生菌ワクチンであり、Tリンパ球を活性化し、生体の細胞性免疫の機能を高めることを主な役割とし、主に結核菌の感染予防に用いられている。
従って、BCGワクチンと牛痘ワクチンは全く異なるワクチンであり、予防する病気も全く異なる2つの病気に属する。 世界保健機関（WHO）は天然痘の世界的絶滅を宣言しており、牛痘ワクチンを普及させる必要はない。
しかし、BCG接種と牛痘接種には共通点がある。すなわち、両ワクチンとも接種後、左上腕の接種部位に潰瘍ができ、瘢痕が残ることである。