少量のショートニングには一般的に副作用はないが、長期間にわたって大量に摂取した場合、肥満の原因となり、心血管疾患の発症率を高める可能性がある。
ショートニングは一般的に直接摂取には適さないが、ペストリー、パン、揚げ物の加工に使用される。 ショートニングで加工された菓子、パン、揚げ物を適切に摂取することは、通常、副作用をもたらすことはない。
しかし、これらの食品は高カロリーであり、長期間にわたって大量に食べ続けると、体内の脂肪量が増加し、肥満の原因となる可能性があることに留意すべきである。
ショートニングには、人体に消化吸収されにくいトランス脂肪酸が多く含まれており（トランス脂肪酸の安全な摂取量は1日2g以下）、過剰に摂取すると人体の血管内にトランス脂肪酸が蓄積し、血栓症や動脈硬化などの心血管系・脳血管系疾患を引き起こす可能性が高くなる。
トランス脂肪酸の摂取を減らすためには、良い食習慣を身につけ、消化の良いあっさりしたものを多く摂り、高脂肪、油っこいもの、刺激の強い食事を控えることが推奨される。