腸上皮過形成は癌化しない場合もあり、1～2年で癌化する患者もいれば、10年以上かかる患者もおり、また効果的な治療を行えば癌化しない場合もある。
腸粘膜の長期にわたる損傷や水腫は、患者の腸上皮過形成を引き起こす可能性がある。 この病気は発がんの可能性があり、長期間悪い生活習慣を続けていると1～2年で発がんになることもあり、良い生活習慣を続けていれば10年以上発がんにならないこともある。
軽度の腸上皮過形成であれば、医師の指導の下、チオグルコースアルミニウムや炭酸アルミニウムマグネシウムなどの薬で治療することができる。 重度の腸上皮過形成の場合は、手術によって病変部を切除することで治癒の目的を達成することができる。
上皮過形成には癌の可能性もあるため、発見した時点で治療することが重要である。