低分子ヘパリンはアスピリンに取って代わることはできない。 低分子ヘパリンは抗凝固薬に属し、アスピリンは抗血小板薬（シクロオキシゲナーゼ阻害薬）に属し、両薬剤の作用機序は異なる。
医学的には、血栓の形成は2つのカテゴリーに分類することができる。1つは、血流の停滞、血流の低下、その他の誘発性血栓症の形成のための様々な理由によるもので、これは主に心房細動、長期の寝たきり、または人口の受動的なブレーキに見られる。
もう一つのタイプの血栓は、血管の内皮が傷つき、血小板が凝集・癒着して形成されるもので、これは動脈に多い。 前者は通常抗凝固薬で予防・治療され、後者は抗血小板凝集薬で治療される。
低分子ヘパリンに代表される抗凝固薬とアスピリンに代表される抗血小板薬は、いずれも抗血栓療法に使用することができるが、作用機序が異なり、実際に使用する場面も異なるため、一般的には治療の代替とはならない。 両薬剤とも一定の出血リスクを伴うため，予後不良を避けるために，患者には医師の管理下で使用することが勧められている。