食道扁平上皮過形成の治療法については、これがベストというものはなく、状況に応じて経過観察と薬物療法が中心となる。
食道扁平上皮過形成は、胃カメラで食道に多くの小島のような突起を発見したもので、その多くは食物の刺激、炎症などが原因である。患者固有の症状と組み合わせて的を絞った治療を行う必要があるが、最善の治療法というものはなく、主に患者の適性に依存する。
例えば、酸逆流、胸焼けなどの症状がない場合は、特別な治療は必要なく、食事を軽めにし、甘いもの、コーヒー、濃いお茶などを控え、徐々に改善することができます；
明らかな逆流や酸の逆流などの症状がある場合は、医師の指導の下、治療薬を服用する必要があり、一般的にはオメプラゾール、ラベプラゾール、ランソプラゾール、シサプリドなどが使用されます。
食道扁平上皮過形成は良性の病変ですが、それでも注意が必要で、医師の指導に従って治療する必要があります。