胃腸神経症は、運動強化、リラクゼーション、抗不安薬や胃酸分泌抑制薬などの薬物療法など、精神面から治療することができる。
胃腸神経症の多くは精神的緊張が原因で、胃炎や消化性潰瘍などの一連の消化器疾患に続発する。 したがって、治療は精神状態を改善し、消化管疾患を改善することから始めることができる。
患者は、不安や緊張といった精神状態を改善するために、運動を強化し、リラックスし、社会活動に参加し、他人とコミュニケーションをとることができる。
必要に応じて、ジアゼパムなどの抗不安薬を投与し、抗不安、鎮静、睡眠などの効果を発揮させる。 消化管疾患の場合、胃酸分泌の亢進が主な原因であるため、オメプラゾール、ラニチジンなどの制酸剤を投与することができるが、投薬は医師の指示に従うべきである。