肝性脳症の治療は、薬物療法、手術療法、一般治療で行われます。 治療によって病気の進行を遅らせたり、症状を改善することはできますが、病気の根本を断ち切ることはできません。
1.薬物治療
(1)非吸収性二糖類：ラクチュロースやラクチトールなど、腸管を酸性化し、排便を促し、アンモニアの吸収を抑える目的で使用される。
(2) 腸管非吸収性抗生物質：例えば、リファキシミンα結晶。腸内細菌の増殖を抑制し、アンモニアの産生を抑えるために使用される。
(3) 微小生態学的修飾剤：例えば、肝性脳症の補助的治療に用いられるプロバイオティクス、プレバイオティクスなど。
(4) アンモニアの代謝クリアランスを増加させる薬剤：メンソレータム-オルニチンは、アンモニアの変換を促進し、患者の血中アンモニア濃度を低下させるために使用される。
2.外科的治療：末期肝疾患の患者を救うために行われる肝移植は、肝不全を併発し、保存的治療では十分な効果が得られない患者に適している。
3.一般的治療：高蛋白食を避け、少食・頻食を心がけ、高炭水化物で消化のよいものを摂取する。
肝性脳症と診断された場合は、病態の悪化を避けるために早期の治療が推奨される。