小児ぶどう膜炎で抗核抗体が陽性の場合は、ぶどう膜炎と自己免疫疾患の両方の治療が必要である。
1.ぶどう膜炎：ぶどう膜炎に対しては、できるだけ早期に炎症をコントロールし、瞳孔を拡大し、瞳孔がくっつかないようにする。
(1)炎症のコントロール：酢酸コルチゾン、酢酸プレドニゾン点眼薬・軟膏などのステロイド外用薬、酢酸プレドニゾロン結膜下注射薬などを使用する。
(2) 瞳孔散大：毛様体筋の痙攣や括約筋の痙攣を緩和するために瞳孔散大薬を点眼する。 よく使用される瞳孔拡張薬には、アトロピン、スコポラミン、ポストマトロピウムなどがある。
2.自己免疫疾患：抗核抗体陽性は自己免疫疾患でしばしばみられ、ぶどう膜炎を引き起こすことがある。 通常、リウマチ性関節症、多発性硬化症、ベーチェット病などでみられる。 これらの疾患は対症療法が必要である。
(1)非ステロイド性抗炎症薬（NSAIDs）の使用：主に痛みを伴う関節の腫れがある患者さんに使用します。
(2)コルヒチン：関節症、結節性紅斑に有効である。
(3)グルココルチコステロイド経口外用薬：経口潰瘍やぶどう膜炎に併用すると症状が改善することがある。
抗核抗体陽性のぶどう膜炎を合併している小児に対しては、できるだけ早期に医師の診断を受け、病気の原因を特定し、その病気に対する個別の治療計画を立てる必要がある。