ER.PR：ERとPRは正常な乳房上皮細胞に存在し.細胞が癌化すると部分的あるいは完全に消失する。 ERやPRが存在する場合.乳がん細胞の成長・増殖は依然として内分泌の制御を受けており.ホルモン依存性乳がんと呼ばれる。ERやPRが存在しない場合.乳がん細胞の成長・増殖は内分泌の制御を受けず.非ホルモン依存性乳がんと呼ばれる。
C-erbB2 がん遺伝子：正常乳房組織では低発現.乳がん組織では高発現。 その発現は乳がんの悪性度.リンパ節転移.臨床病期と正の相関があり.発現率が高いほど予後が悪いとされています。
P53： p53の変異率が高い乳がん細胞は.増殖性が高く.低分化で悪性度が高く.リンパ節転移率が高い。p53の過剰発現は.第3世代のアロマターゼ阻害剤に対する効果の低さを示唆している。
p63：p63遺伝子そのものががん遺伝子であり.乳がんの発生・進展に重要な役割を果たす。p63を検出することにより.乳がんの早期診断.適時治療.予後判定に必要な理論的根拠を提供できる。
p27: p27 oncogene, 研究により.p27は乳癌の独立した予後マーカーであることが示されている。p27の低発現は.TNMステージ後半.リンパ節転移.局所再発.遠隔転移と関連しており.p27低発現は短命および不良予後と有意に関連している。 今年のASCOでは.Porterらが組織マイクロアレイ技術を用い.ACレジメンで治療した乳がん患者において.p27の発現がない.あるいは低いことがOSとDFSの点で予後不良を示唆することを明らかにした。
COX-2（シクロオキシゲナーゼ-2）：乳がん組織におけるCOX-2の発現の有無は.患者の予後の臨床評価や術後再発のリスクの高い患者の同定に有用な指標となる可能性があります。
Ki-67：乳がんの予後と相関があり.特にリンパ節転移陰性の患者さんでは.補助化学療法を行うかどうかの判断に有用であるとされています。
E-カドヘリン：E-カドヘリンはカルシウム依存性の膜貫通型糖タンパク質で.細胞間のタイトジャンクションを形成し.細胞の極性を維持し.組織の構造的完全性を保持する役割を担っています。 E-カドヘリンの発現低下や機能喪失は.がん細胞と隣接細胞との接着を低下させ.結果として腫瘍細胞の活性や広がりを増加させるため.がん細胞の転移・浸潤能を高めることになり.乳がんの予後指標として利用することができます。
PS2：PS2はERアッセイよりも内分泌療法への反応性を予測する上で有用であり.PS2発現は乳癌における内分泌療法への反応性の最も良い指標となる。
カルポニン：乳房の正常群.過形成群.異型過形成群において.ほぼすべての筋上皮細胞がp63.α-SMA.カルポニンを発現し.すべての腺上皮細胞が3抗体ともに陰性であり.浸潤癌.in situ癌.異型過形成の判定に有用である。
CK : CK-L.CK8/18.CK7.CK20.CK34βE12 はサイトケラチン.EMA (Epithelial membrane antigen) は上皮膜抗原.CEA (Carcinoembryonic antigen) はカルチノイド胚性抗原であります。CK）.上皮膜抗原はEMA（Epithelial membrane antigen）.カルチノエムブリオニック抗原はCEA（Carcinoembryonic antigen）。 これらのマーカーは.例えば.消化器系腫瘍（食道.胃など）.泌尿器系腫瘍（前立腺.腎臓など）.婦人科系腫瘍（乳癌など）などの上皮由来腫瘍を検出するために併用されることが多いです。 これらの指標は比較的特異度の低い多くの腫瘍を検出できるため.病歴.身体検査.生検病理検査など他の検査と組み合わせて診断を行う必要があります。
SMA（平滑筋アクチン）：平滑筋アクチンは.信頼性の高いマーカー抗体です。 ME の消失は.正常乳房組織.良性病変から.in situ がん.初期浸潤がん.浸潤がんと徐々に進行していきます。
EMA：Epithelial membrane antigens（上皮膜抗原）は.一般に組織分布が上皮細胞の内腔表面膜に限られ.基底細胞膜や側底細胞膜にはEMAが分布しない高分子量の糖タンパク質群である。 EMAは通常.間葉系腫瘍には見られないので.上皮系腫瘍の良いマーカーであり.胃癌のリンパ節微小転移の重要な指標として用いることができる。
ラミニン：ラミニンは.主に基底膜構造に存在する非コラーゲン性の糖タンパク質で.13-15％の糖を含む相対分子量820kDaのタンパク質である。 構造は非対称の十字形で.1本の長い腕と3本の同様の短い腕から構成されています。 4本のアームはすべて棒状のセグメントと球状のエンドドメインを持っている。
β1.β2の短腕には2つの球状ドメインがあり.α鎖の短腕には3つの球状ドメインがあり.1つはIV型コラーゲン.2つ目はヘパリン.1つは細胞表面の受容体に結合する。 このように結合部位が分かれているからこそ.LNは橋渡し分子として働き.細胞と基底膜の結合を仲介することができるのだ。 したがって.LNの主な機能は.基底膜の主要な構造成分として作用し.その組み立てに重要な役割を果たすことである。
細胞表面で網目構造を形成し.細胞を基底膜に固定する。
LNは.細胞の発生過程における細胞接着や細胞運動の促進.胚における神経軸の成長促進.成体動物における神経損傷後の再生・修復促進など.他にも多くの役割を担っています。 フィブロネクチンと同様に.細胞外のLNは細胞の成長.移動.分化に影響を与え.初代生殖細胞の移動に重要な役割を果たしている。lNはまた.IV型コラーゲンと共に基底膜を形成する大きな糖タンパク質で.発生中の胚に現れる細胞外マトリックスの最も初期の構成要素である。
LN分子は.重鎖（α）と2本の軽鎖（βとγ）がジスルフィド結合で架橋され.十字形で.それぞれ3本のペプチド鎖のN末端配列からなる短腕で構成されています。 各短腕は2つの球状領域と2つの短桿状領域からなり.長腕も桿状領域と球状領域からなる（図.構造モデル）。LN分子には少なくとも8つの細胞結合部位が存在する。 例えば.球状領域に近い長腕の場合。 この鎖にはIKVAVペンタペプチド配列が含まれており.神経細胞に結合して神経の成長を促進する。
マウスLNα1鎖のRGD配列は.αvβ3インテグリンに結合する。 LNは7分子.8分子（α1,α2,α3,β1,β2,β3,γ1,γ2）が確認されており.FNとは異なり.これら8つのサブユニットはそれぞれ8つの構造遺伝子によってコードされている。 LNは糖含有率が高く（15-28%）.N結合糖タンパク質が約50本あり.糖鎖構造としては現在までに知られている中では最も複雑な糖タンパク質であるといえる。 さらに.LNには様々な受容体が認識され.糖タンパク質構造に結合していることが知られている。
Cyclin D1：CyclinD1の高発現は.ヒト乳癌の発生と進行に重要な役割を果たすと考えられている。 乳癌における高発現の臨床的意義は.Cyclin D1の発現が腫瘍の大きさ.TNMステージ.腋窩リンパ節転移と相関することである。EGFR：Epithelial growth factor receptor (Epidermdl grouth factor receptor, EGFR) C-erdB-2 と同様.EGFRはI型成長因子受容体ファミリーに属している。 EGFは.主に細胞膜に存在するチロシンキナーゼ受容体で.正常な状態では.標的細胞の受容体に結合すると細胞増殖を促進する潜在的な分裂促進因子である。 腫瘍の周囲の細胞は.腫瘍細胞分泌因子の刺激を受けてEGFRの発現を開始し.EGFRの発現により「正常」な周囲の細胞は次第に悪性表現型に変化していく。
nm23：nm23は.抗転移性癌遺伝子とも呼ばれ.その産物は152アミノ酸からなるタンパク質であり.ヌクレオシド二リン酸キナーゼ（NDPK）のアミノ酸配列と高い相同性を有している癌遺伝子である。 ヒトのnm23遺伝子には.88％の相同性を持つnm23H1とnm23H2の2つのアイソフォームがあり.nm23H1の方が乳がんの予後と密接に関連しています。nm23タンパク質はNDPKとして機能し.微小管の重合に影響を与えることで細胞運動を制御し.Gタンパク質シグナルに影響を与えることで負の制御効果を発揮し.腫瘍の転移を阻害しています。
しかし.その作用はNDPK活性に依存しない。 その結果.nm23の発現量は.NDPKの活性よりもむしろ転移能と関連していた。nm23は独立した予後指標であり.その発現量は年齢.腫瘍サイズ.ER.PR.C-erbB-2とは関連せず.リンパ節転移.組織病期.グレード.臨床病期と有意に関連しており.nm23が高いものは低いものに比べて予後が有意に良好であった。 nm23の高発現者は低発現者に比べ.有意に予後が良好であった。
nm23の発現が低下している乳癌は.分化度が低く.ERの発現量も低く.リンパ節転移を伴うことが多く.予後不良とされています。 乳がんの進行過程で.nm23の発現量は減少する。 nm23を検出することで.腋窩リンパ節が陽性の患者さんでは遠隔転移の可能性を.腋窩リンパ節が陰性の患者さんでは転移の可能性をスクリーニングし.適切な予防的治療を行うことができ.治療成績の向上が期待されます。
VEGF: Vascular Endothelial Growth Factor 血管新生は.腫瘍の成長.浸潤.転移に重要な役割を果たし.一連のプロモーターと阻害剤によって制御されている。最も重要なプロモーターの1つがVEGFで.腫瘍細胞が成長中に分泌し.そのコーディング遺伝子は6P21.3に位置し.異なる形式のmRNAシアーのために.8つのエキソンから構成されている それぞれ121.145.165.189.206のアミノ酸を含む5種類のVEGFが形成され.そのうちVEGF165は最も重要で様々な細胞で優位に発現し.VEGF121とVEGF189はほとんどの組織とVEGFを発現する細胞で検出され.VEGF145とVEGF206は非常に稀であり VEGF206は.ヒト胎児肝臓でのみ検出可能であった
VEGF206は.ヒト胎児肝cDNAライブラリーでのみ検出可能である。
VEGFはジスルフィド結合により二量体を形成することで初めて活性を発揮し.その受容体は高い特異性を持つチロシンプロテインキナーゼ型の膜受容体である。 VEGFが受容体に結合すると.血管内皮細胞の増殖を促し.血管形成を促進し.血管透過性を高めるため.腫瘍細胞は一方では十分な栄養を得て急速に増殖し.他方では血管内皮細胞を通じて容易に血流に入り.遠隔転移を起こすことができます。
VEGFは主に腫瘍細胞から産生され.間質細胞からの産生は少ない。 年齢や閉経状態とは無関係に予後の指標となり.ERおよびPRと負の相関を示す。 VEGFモノクローナル抗体「アバスチン」「エリテカン」は.VEGFと受容体の競合.VEGFと低毒性物質の結合.アンチセンス核酸技術によるVEGF発現阻害など.VEGF発現量が多い場合に推奨される。
循環型VEGFは予後の指標であり.高発現しているものは転移再発しやすいこと.またこの指標を治療指針にできることが示されています。 今年のASCO学会でGhoshらは.乳がん組織ではVEGFの発現が間質より有意に高く.多くの予後不良因子と関連し.高発現は20年生存の患者の予後不良を示唆することを報告しました。
Trainaは.ホルモン受容体陽性の転移性乳がん患者を対象に.レトロゾールとVEGFモノクローナル抗体ベバシズマブを併用した試験について報告しました。 本研究では.治療の指針として組織中のVEGFを測定し.予後との相関を評価した。
BRCA1：基底細胞様乳がんは.予後不良の高悪性度乳がんの一種で.一般的にER.PR.HER-2陰性発現を示します。 発症率は乳がん患者全体の約15～20％で.発症率とBRCA1遺伝子の変異には強い関連があると言われています。
Bcl-2：アポトーシス抑制遺伝子にはBcl-2.Bcl-x1.Bcl-w.mcl-1があり.アポトーシス促進遺伝子にはBcl-xs.Bax.Bad.Bak.Hrk.Bimが含まれる。 この2種類の物質は互いに結合して阻害しあっており.その相対的な量でアポトーシスが起こるかどうかが決まることが多い。 Bcl-2ファミリーの中でも.Bcl-2タンパク質は最初に同定.単離され.これまでのところ.よく研究されている。
Bcl-2タンパク質は.小胞体Ca2+と膜透過性転移（PT）が関与する核内外の物質輸送を制御することで.アポトーシス経路の仲介に重要な役割を担っています。 Bcl-2タンパク質は.小胞体におけるCa2+輸送と膜透過性転移（PT）を制御することにより.ミトコンドリアからのシトクロムCの放出を防ぎ.Apaf-1やプロカスパーゼ9との相互作用を阻害し.最終的にカスパーゼ9やカスパーゼ3が引き起こすアポトーシスカスケード反応を阻害しています。
結論として.Bcl-2は抗アポトーシス遺伝子として.ウイルスや酸化剤の刺激によって引き起こされるアポトーシスから細胞を保護することができる。 現在の研究では.Bcl-2遺伝子とその関連タンパク質の高発現がアポトーシスを阻害し.腫瘍の発生や薬剤耐性に重要な因子であることが示唆されています。
CD44v6：CD44v6は.癌細胞の浸潤および転移挙動に密接に関連する膜貫通タンパク質であり.腫瘍細胞の細胞外マトリックスへの接着を仲介するだけでなく.腫瘍細胞間および腫瘍細胞と他の細胞との相互作用に関与する。 CD44v6はリンパ球のホーミング受容体とヒアルロナンの主要受容者として.細胞外マトリックスに結合し細胞骨格タンパク質と結合することが可能だ。 細胞仮足の形成に関与し.細胞の形態的・移動的変化を引き起こし.腫瘍細胞の浸潤・転移に直接関与しうる。
Pokemon：Pokemonは様々なヒト腫瘍で過剰発現しており.腫瘍抑制遺伝子ARFの転写を特異的に抑制することにより作用し.Pokemon遺伝子欠損細胞は癌化に反応しないことから.この遺伝子は腫瘍形成に重要な役割を担っていると考えられています。
CD117：消化管間葉系腫瘍の指標となる。 s-100：CgA（-）.S-100.SyN（-）は神経内分泌系の指標となる。 陰性は神経内分泌癌ではないことを示す。S-100蛋白は分子量21 000の酸性カルシウム結合蛋白で.主に中枢神経系の各部位のアストロサイトの細胞質に存在し.飽和硫安に100％溶解することからこの名がついた。
S-100タンパク質はαとβの2つのサブユニットからなり.S-100 ββ（S-100 b）は主にグリア細胞やシュワン細胞に.S-100 αα（S-100 a0）は主にグリア細胞に.S-100 αβ（S-100 a）は主に横紋筋や心臓.腎臓に存在する3種類の形態で存在しています。 一般に.中枢神経系の細胞が傷害を受けると.S-100タンパク質が細胞質から脳脊髄液（CSF）に漏れ出し.傷ついた血液脳関門を通って血液中に入ることが知られている。 したがって.CSFおよび血液中のS-100タンパク質の増加は.CNS損傷の特異的かつ高感度な生化学的マーカーである。