現在.小児水腎症の手術療法は開腹手術と腹腔鏡手術に分けられる。 一般的にはそれぞれに長所と短所があります。水腎症に対する腹腔鏡手術（骨盤内尿管吻合術）は.長年の努力の結果.基本的には開腹手術の成績を達成しており.低侵襲手術として.大多数の患者さんとそのご家族に歓迎されています。
手術は全身麻酔で行われ.一般的に2～4時間（状況により異なる）で終了し.術後の回復も早く.何より傷が小さいので審美的な仕上がりになります。
開腹手術は一般的に腹腔内に入らず腹膜の外で行うため.手術時間が短く（1～1.5時間）.成功率が高く.合併症も少なく.特に近年は小開腹で.より低侵襲な結果（全身麻酔が短く.気腹などによる一連の合併症がない）が得られ.特に低月齢（数ヶ月）のお子様に適していると言われています。 ただし.どのような手術を採用するかは.患者さんの実際の状態や術者の経験によって異なり.絶対的な良し悪しはありません。