第3胚葉末期に後腸の末端が拡張して前膀胱と連絡し.回虫が形成される。
回腸の尾端は外胚葉の上皮細胞の膜で囲まれ.これが回腸膜となり体から分離される。
第4週には.回腸と後腸の間の中胚葉のひだが形成されて尾側に成長し.同時に回腸の両側壁の内側が増殖して腔内に伸びるひだを形成する。これが尿直腸隔膜を形成して回腸を前後2つに分け.前者は鳥の性器洞.後者は直腸となる。 同時に外套膜も前部と後部に分けられ.前者は尿道洞.後者は肛門膜となり.5週目以降は肛門の凹部を形成し.次第に直腸に近く深くなっていく。
7週目から8週目にかけて.この二つの膜は次々と破裂していく。
肛門膜が破裂すると.直腸とつながって肛門が形成される。
胚発生の9週目には.肛門とその周囲の筋組織が完成する。
胎生4ヶ月目には.会陰が前方および後方に急速に成長し.最終的には肛門が通常の位置に戻ることができるようになる。 以上のことから.肛門形成は胎生期の最初の3ヶ月でほぼ完了し.妊娠初期に肛門奇形の予防が必要であることがわかる。