B型肝炎ウイルス（HBV）感染時の年齢は.慢性化に影響を与える最も重要な因子である。 周産期（出生時）にHBVに感染した人の90％.乳児期に感染した人の25〜30％がそれぞれ慢性感染を起こすが.5歳以降の感染者は5〜10％しか慢性感染に至らない。 乳児期のHBV感染の自然経過は.一般に.免疫寛容期.免疫クリアランス期.不活性期または低（非）複製期.再活性化期の4段階に人為的に分けることができる。 免疫寛容期：血清HBsAgおよびHBeAgが陽性.HBV DNA量が多い（しばしば106 IU/mL以上.107コピー/mLに相当）.しかし血清アラニンアミノトランスフェラーゼ（ALT）値は正常.数年から数十年間維持できる重大な肝組織学的異常がない.または肝線維化がない.あるいは緩やかに進行するだけの軽度炎症性壊死に特徴づけられる。 2.免疫クリア期：血清HBV DNA価＞2000IU/mL（104コピー/mLに相当）で発現し.ALTの持続的あるいは断続的な上昇.肝臓組織学的に中程度から重度の炎症性壊死.肝繊維化の急速な進行を伴い.一部の患者は肝硬変や肝不全を発症することがあります。 3.不活性または低（非）複製段階：HBeAg陰性.抗HBe陽性.HBV DNAが常に2000IU/mL（104コピー/mLに相当）以下または検出不能（PCR法）.ALT値が正常.肝組織学的に炎症がないか軽度のみ。これはHBV感染に対する免疫制御の結果で.この段階のほとんどの患者は肝硬変と HCC のリスクは大幅に減少し.HBV DNA の転換が数年間持続した患者の中には.HBsAg 血清の自然転換率が1～3％/年であるものもある。 4.反応期：不活性期の患者の中には.1回以上の肝炎エピソードを経験し.ほとんどがHBe抗原陰性.抗HBe陽性（一部はプレCおよび/またはBCP変異体によるHBe抗原発現量の低下または消失による）でも.HBV DNA複製は活発で.ALT異常は持続または再発し.HBe抗原陰性慢性化する場合があります。 これらの患者は.肝線維化.肝硬変.代償性肝硬変.肝細胞癌へと進行する。一部は.HBsAgが自然に消失し（抗HBsの有無を問わず）.HBV DNAが減少または検出されないため.しばしば予後が良好である。 この段階の患者のごく一部は.HBeAg陽性の状態に戻ることがあります（特に.化学療法などの免疫抑制状態において）。 HBVに感染したすべての人が.この4つの段階を経るわけではありません。 新生児HBV感染症のうち.HBVが自然に治癒するのはごく少数（約5％）で.ほとんどは長い免疫抵抗性の期間を経て.免疫クリアランスの段階を迎えます。 しかし.思春期にHBVに感染した青年・成人の多くは免疫寛容期を持たず.そのまま免疫クリアランス期に入り.多くは自然に治癒するが（約90〜95％）.少数（約5〜10％）はHBe抗原陽性のB型慢性肝炎に移行する。 HBeAg血清転換は主に免疫クリアランス期に自然発生し.年間約2％〜15％の発生率で.40歳未満.ALT高値.HBV遺伝子型AおよびBの人で発生率が高く.HBeAg血清転換後年間約0.5〜1.0％でHBsAgクリアランスが起こる。 慢性HBV感染者における肝硬変の発生率は.感染状態に関連しています。 免疫寛容期の患者さんは.肝線維化の進行がごく軽度か全くないのに対し.免疫クリアランス期は肝硬変の発症率が高い時期です。 肝硬変の累積発症率は.持続的に高いウイルス量と正の相関があり.HBV DNAはHBeAgやALTとは独立した.肝硬変発症を予測できるリスクファクターであることがわかった。 その他.肝硬変発症の危険因子として.アルコール依存症.HCV.HDV.HIVの共感染などが挙げられます。 原発性肝細胞癌（HCC）は.非出血の患者さんでは発生しにくいと言われています。 HBeAg陽性および/またはHBV DNA > 2,000 IU/mL（104コピー/mLに相当）は.肝硬変および肝細胞癌の重大なリスクファクターです。 肝細胞癌の家族歴も関連因子であるが.同じ遺伝的背景であればHBVウイルス量がより重要である。