上咽頭癌は必ずしもEBV陽性とは限らず.上咽頭癌の発生はEBV感染と非常に密接な関係がある。現在.EBVの検出方法には.主に以下の2つがあります。第一に.血清中のEBV抗体の検出：最も一般的に用いられているのは.VCA-IgAとEA-IgAの検出です。非角化性上咽頭癌の患者のほぼ100％が血清中に抗EBV抗体を有している。文献によると.上咽頭癌におけるこれらの抗体の陽性率は約69％〜93％であり.100％ではない。第二に.血漿中のEBV free DNAの検出である。EBV DNA分子は上咽頭癌の良好なマーカーであるため.上咽頭癌の早期診断.予後判定.効果判定.臨床病期判定など様々な局面で広く使用することができる。なお.感度は96％に達するが.100％ではないので.必ずしも上咽頭癌のEBVが陽性であるとは限らない。