HCVの塩基配列の系統に基づき.HCVは少なくとも6つの主要な遺伝子型と30以上の遺伝子型のサブタイプに分類されます。 さらに.単一の遺伝子型のHCVに感染した患者であっても.生体内ではHCVは準種と呼ばれる最大4〜8％の配列差のある変異体群として存在します。 おそらく防御免疫の不足により.CHC患者.特に静脈内麻薬中毒者.血液透析患者.献血者にHCVスクリーニングが導入されていなかった時代に複数回の輸血を受けた患者など.感染リスクが非常に高い患者において.異なるHCV株による重複感染がしばしば見られる。 HCV感染症の複数の遺伝子型は.臨床病理学的に非常に重要である。 ある個体で複数の遺伝子サブタイプ/ジェノタイプが同時に感染しているという所見については.相反する見解がある。 複数の遺伝子型に感染するシナリオは.大きく分けて.すでに一つの遺伝子型に感染している患者が別の遺伝子型に重複して感染する場合と.複数の遺伝子型に重複して感染する場合の二つがあります。 共感染の頻度や臨床的意義に関する研究結果は相反するものであり.HCVの遺伝子型や亜型の検出そのものに問題がある可能性がある。 血清学的手法の応用により.単一のHCV遺伝子型に感染した患者が.すべて別のHCV遺伝子型に一過性またはinsidiousに重複して感染している可能性があることが示されている。 現在.最も一般的に用いられているジェノタイピング法は.5’末端非翻訳領域（5′-UTR）の変化を検出するリニアプローブ技術である。 この方法を用いると.複数のHCV遺伝子型が検出されるのは.単一のHCV遺伝子型に感染した人の10.8％.HCV/HIV混合感染者の5％であることがわかります。 後者の患者群では.複数のHCVジェノタイプの感染が.急速なHIVの進行と関連していた。 しかし.5′-UTRを標的としたジェノタイピング法は.HCVの複数の遺伝子型感染を検出するのに最適な方法ではない可能性があることは注目に値します。 従来の5′-UTRを用いたジェノタイピング法では.サブタイプ1αと1bの区別に誤りがあり.1αの遺伝子型の約20％がサブタイプ1bと誤って分類されている可能性があります。 2つの遺伝子型は1塩基しか違わないため.異なるウイルス株の複数遺伝子型感染を確実に検出するためには.より正確な型別方法を適用する必要があります。 また.複数の遺伝子型のHCVに感染するのは.異なる遺伝子型のウイルスが異なるウイルス貯蔵庫に存在する可能性があるためと懸念されています。 HCVのゲノムが非肝内貯蔵臓器に広く存在することが報告されており.異なるウイルス株が非肝内貯蔵臓器と比較して特異的な肝性向を獲得しているという仮説が支持される証拠がある。 しかし.この問題はまだ議論の余地があり.HCVの遺伝子型を検出する方法が異なることが原因である可能性があります。 現在までのところ.複数遺伝子型感染の臨床的意義は不明であり.これまでに終了した臨床検証でもそのような患者は除外されており.複数遺伝子型感染が治療効果に及ぼす影響を評価することは困難である。 異なる遺伝子型のHCVに感染したドナーとレシピエントの間の肝移植は.宿主-ウイルスおよびウイルス-ウイルス相互作用の研究に非常に有用なモデルを提供するが.抗拒絶反応のための免疫抑制療法は相互作用の性質に影響を及ぼす可能性がある。 複数のグループの研究により.複数の感染症を持つ患者では.1つのウイルス株が優勢であることが一般的であることが示唆されています。 フランスの研究では.未治療の慢性HCV感染者119例を調査しました。 HCV RNAのリボソーム結合部位配列を増幅し.一本鎖立体構造多型（SSCP）.リニアプローブ法.クローン配列決定法を適用して.血漿と末梢血単核細胞（PBMC）の配列差を比較検討した。 血漿とPBMCのSSCPパターンの違いは.評価可能な113人の患者のうち54人（48％）で認められた。24％の患者は.両方の遺伝子型または遺伝子型に感染し.PBMC（n=25）または血漿（n=2）でのみ検出された。コンパートメントの違い（コンパートメントは.相対的に異なる遺伝子からなる非形質的概念）：血漿は.PBMCで検出された。 独立した細胞集団）は.薬物治療を受けた患者でより頻繁に見られ.ジェノタイプ1 HCV感染患者の血漿ではより少なかった。 2種類以上のHCVが混在する患者は.ペグインターフェロン/リバビリン療法に対してより耐久性のある反応を示すようであった。 一方.米国アラスカ州の大規模な研究では.HCV感染者ではコンパートメントによる差は認められませんでした。 5′-UTR解析法で確認された混合遺伝子型やスイッチ遺伝子型の感染パターンの多くは.異種二本鎖泳動解析法（HDA）で繰り返し確認することができなかった。 多重遺伝子型HCV感染の臨床的意義を評価する前に.最適な検査プロセスという技術的問題を解決する必要がある。 いくつかの研究では.複数の遺伝子型の存在は.薬剤の選択やレジメンに重要な意味を持つことが示されていますが.広く受け入れられているわけではありません。 しかし.臨床の現場では.1つのウイルス遺伝子型が優勢であるため.1つの遺伝子型しか検出できないことが多いのですが.他の遺伝子型のウイルスに感染（または再活性化）すると.時間の経過とともに優勢な遺伝子型が変化することがありますので.最も新しく検出した遺伝子型の結果で治療サイクルを決定することが賢明であると思われます。 治療後に再発した患者さんでは.この活性化が治療前の優勢なウイルス株によるものかどうかを判断するために.臨床医が遺伝子型検査を繰り返すことが推奨されます。 要約すると.C型肝炎患者の特殊な集団（妊娠.糖尿病.腎疾患.腎移植.精神疾患.甲状腺機能異常.HIV.再生不良性貧血.小児C型肝炎.C型肝硬変.複数遺伝子型HCV感染を合併したC型肝炎患者など）における抗ウイルス療法（IFN+RBV）の有効性に影響があるほか.次のような特徴があります。 IFNとRBVの副作用は.それぞれの基礎疾患を持つ特定の集団に影響を及ぼします。 したがって.抗ウイルス剤治療を行う際には.問題に応じた慎重な抗ウイルス剤治療戦略を採用することが重要である。 最近の臨床試験で.DAAはCHCの特殊な集団（例えば.腎疾患を合併したCHC）においてより有効で副作用が少ないことが判明しており.CHCの特殊な集団における抗ウイルス治療の選択肢が増えたことは注目に値するが.多施設.大規模サンプルによる臨床試験がまだ必要である。