甲状腺機能低下症は.症状が現れにくく.罹病期間が長いのが特徴です。 ほとんどの患者には特異的な症状や徴候はなく.主な症状は代謝率の低下と交感神経の興奮性ですが.中には重篤な合併症を起こす患者もいます。 甲状腺機能低下症は体のさまざまなシステムに影響を及ぼします：甲状腺自体：萎縮したり肥大したりすることがあり.原発性甲状腺機能低下症の患者の中には.適時に治療を受けないと下垂体が肥大することがあり.一過性の甲状腺機能低下症の中には.適切に対処しないと生涯甲状腺機能低下症に発展するものもあります。 消化器系：消化管水腫.代謝低下.体重増加が起こることがある。 味覚低下.胃粘膜萎縮.胃酸分泌低下。 消化管運動が低下し.便秘がみられる。 循環器系：心筋収縮力の低下.心拍出量の低下.活動耐容能の低下。 重症例では.心不全および心嚢液貯留が起こることがある。 呼吸器系: 換気低下.睡眠時無呼吸.水腫によるいびきと睡眠時無呼吸。 血液系：正常球性貧血および正常色素性貧血.ヘマトクリット値低下。 神経系：無気力.反射の延長.嗜眠.眠気。 生殖系：生殖能力の低下.性欲減退。 女性の月経障害または月経過多。 その他の内分泌系：甲状腺機能低下症-原発性副腎皮質機能低下症（シュミット症候群）。 下垂体機能低下症。 粘液水腫昏睡：長期間有効な治療を受けていない甲状腺機能低下症患者の末期症状で.甲状腺機能低下症の状態が悪化した重篤な状態であり.その多くは感染症や鎮静剤の使用によって誘発される。 臨床症状は.眠気.精神異常.木のこわばり.あるいは昏睡で.心肺疾患を有する高齢の甲状腺機能低下症患者にしばしばみられ.予後不良で死亡率は約20％である。 その他の症状：さまざまな中間体の代謝低下.酵素クリアランスの低下.コレステロール.トリグリセリド.低比重リポ蛋白.筋肉酵素の濃度上昇。 皮膚乾燥.真皮ムコ多糖浸潤.体液貯留。 重症の場合.粘液水腫が起こることもある。