全身性脂肪腫は多発性脂肪腫に属し、通常小さく、左右対称に発生することが多い。 体の深部に発生した脂肪腫は悪性化しやすいため、早期に摘出する必要があり、一般的に行われている手術法は表在性乳腺腫瘤摘出術である。 表層脂肪腫切除術は外来で行える一般的な手術で、麻酔は局所浸潤麻酔、一般的には脂肪腫周囲の組織に2％リドカイン浸潤麻酔を行い、その後脂肪腫とその周辺を完全に切除し、周辺を完全に切除することで脂肪腫の再発を防ぐことができ、その後切開部を縫合閉鎖し、適切な包帯を巻き、定期的な薬剤交換と抜糸を行えば終了となる。 内臓や筋肉の深部にある脂肪腫の場合は、脂肪腫が露出するまで脂肪腫のある部位の皮膚や皮下組織を切開して切除する必要があり、内視鏡的低侵襲手術で切除できる場合もある。