HFMDの全経過は通常3〜5日で.7日を超えることはありません。 発熱は38.5℃以上の中等度と38.5℃を超えないものがあり.1～2日後に咽頭痛が出現し.のどを見ると主に咽頭・口蓋弓付近と軟口蓋の裏側にある峡部（きょうぶ）に発疹があり.赤色の丘疹やヘルペスが数個現れ.それが破れることがあります。 のどの痛みがあり.飲み込むと悪化し.のどの痛みは最初の2-3日で悪化します。 また.手足に発疹が出ることもあります。発疹は手のひらや足の裏に分布し.少数に散在し.密集している場合は.手のひらや足の裏以外にも出ることがあります。 手足だけでなく.お尻にも広がり.肛門の周りの皮膚に赤い丘疹やヘルペスが見られることがあります。 発疹は通常.HFMDの出現後1〜2日目に多くなり.3日目にピークに達し.その後.徐々に治まっていきます。