細菌の検出には様々な方法があり.具体的にどのような検査を行うかは疾患の違いによって異なり.主に塗抹検査.細菌培養.血清検査.細菌核酸検査.第二世代シーケンシングなどの検査方法がある：1.塗抹検査：血液検体.痰.尿.糞便.脳脊髄液.胸水.腹水.局所皮膚分泌液や膿瘍の膿などが一般的に塗抹染色に使用されることがある。 細菌の中には.より特異的な形態を持つものもあり.塗抹標本によって早期に診断することが可能で.抗菌薬の臨床指導に役立つ。 2.細菌培養：細菌培養は.細菌感染症の診断に最も信頼できる検査である。 一般に細菌は試験管内の適切な増殖環境に置かれ.迅速に増殖し感染源を探知して治療することが可能である。 細菌培養の欠点は.細菌の増殖に一定の時間がかかることで.一般に増殖の早い細菌は2～3日.増殖の遅い細菌は1週間.あるいはそれ以上かかる場合もある.3.血清検査：血清検査とは血液から血清を分離し.対応する細菌に対する抗体.例えばタイフエ感染では.その抗体の検出により診断を補助することである。 S. typhiに対するO抗体およびH抗体で.S. typhi感染の有無の診断を補助する。 4.細菌核酸検出：一般的に使用される細菌核酸検出は.主にポリメラーゼ連鎖反応であり.通常はPCR検出と呼ばれ.一般的に細菌感染かどうかの診断のシーケンスを通じて.より特定の配列を取るでしょう.PCRは高感度で.小さな細菌核酸を検出することができます.5.第二世代のテスト。 PCR法は.微小な細菌核酸を高感度に検出できる。 5.第二世代シーケンサー法：すなわち.マクロゲノムの第二世代シーケンサーによるNGS法は.細菌感染症を検出することができる。 しかし.人体そのものは.皮膚.呼吸器.泌尿器.膣などの正常組織に細菌を保有している場合があり.これらの部位には正常細菌そのものが寄生しており.これらの部位からの検体を配列決定すると.細菌汚染が発生する可能性がある。 したがって.胸水.腹水.血液などの無菌体液の検出には.通常.第2世代シーケンサーの方が信頼性が高く.検査後は.患者の臨床症状を分析して.どのタイプの細菌感染症が存在し.検出された細菌が病原性であるかどうかを判断する必要があります。