腸間膜脂漏性炎症の対症療法としてプロバイオティクスを服用することは可能であるが、この種の薬剤はこの疾患の主な治療法ではなく、具体的な診断と治療は医師の指示に従うべきである。
プロバイオティクス（乳酸菌製剤やビフィズス菌製剤などが一般的）は、主に腸内細菌叢の乱れに伴う便秘や下痢などの消化器症状の治療に用いられる。 腸間膜脂漏症の患者は、腸管の慢性炎症反応による腸管機能障害に苦しんでいる可能性があり、プロバイオティクス製剤による対症療法が可能である。
しかし、プロバイオティクス製剤は腸間膜脂漏症の補助的治療としてしか使用できず、腸管の炎症反応を抑制するためには、副腎皮質ステロイド（ヒドロコルチゾンなど）、免疫抑制剤（メトトレキサートなど）などを使用する必要があり、腸閉塞などの合併症が生じた場合には手術（腸管癒着解除術など）も必要となることに留意すべきである。
また、プロバイオティクス製剤の禁忌や副作用が不明であることにも注意が必要である。 従って、腸間膜リポフスチン症と診断された場合は、医師の指導のもと個別の治療計画を立て、医師の指示に従い投薬を行い、予後を良好にする必要がある。 不適切な介入により有害な結果を招かないためにも、自己判断で処分したり、やみくもに薬剤を使用したりしないこと。