感染時の年齢は.慢性化に影響を与える最も重要な因子である。 周産期（出生時）および乳児期にHBVに感染した人のうち.それぞれ90％.25％〜30％が慢性感染を起こすが.5歳以降の感染者では5〜10％しか慢性感染に至らないという。 乳児期のHBV感染の自然経過は.一般に.免疫寛容期.免疫クリアランス期.不活性期または低（非）複製期.再活性化期の4段階に人為的に分けることができる。 免疫寛容期：血清HBsAgおよびHBeAgが陽性.HBV DNA量が多い（しばしば106 IU/ml以上.107コピー/mlに相当）.しかし血清アラニンアミノトランスフェラーゼ（ALT）値は正常.数年から数十年間維持できる重大な肝組織異常がない.あるいは炎症.壊死が軽度で肝繊維化の進行がないか遅いことが特徴である。 免疫クリアランス期：血清HBV DNA力価＞2000 IU/ml（104コピー/mlに相当）.ALT/アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（AST）の持続的または断続的な上昇.肝組織学-中等度または重度の炎症.壊死.肝繊維化の急速な進行.一部の患者は肝硬変および肝不全に進行することがあることによって明示されます。 不活性期または低（非）複製期：HBeAg陰性.抗HBe陽性.HBV DNAが常に2000IU/ml（104コピー/mlに相当）以下または検出不能（PCR法）.ALT値が正常.肝臓組織学的に炎症がないか軽度；これはHBV感染の免疫制御の結果で.この段階のほとんどの患者は.肝硬変となるリスクが大幅に減少します。 このステージの患者の大部分では.肝硬変や肝細胞癌のリスクは大幅に減少し.数年間HBV DNA転換が持続した患者の一部では.HBsAg血清の自然転換率は1-3％/年である。このステージの患者のごく一部は.HBeAg陽性の状態に逆戻りする（特に化学療法を受けた場合など免疫抑制状態）ことがある。 免疫反応期：不活性期の患者の中には.1回以上の肝炎エピソードがあり.ほとんどがHBeAg陰性.抗HBe陽性（プレC領域でのHBeAgの発現が少ないかない.あるいはBCP変異による）でも.HBV DNAの活性複製と持続的あるいは再発性のALT異常.なるものが存在する場合があります。 これらの患者は.肝線維化.肝硬変.代償性肝硬変.肝細胞癌へと進行する。一部の患者は.HBsAgの自然消失（抗HBsの有無を問わず）.HBV DNAの減少または検出不能を起こすこともあり.予後良好であることが多い。 HBVに感染したすべての人が.この4つの段階を経るわけではありません。 新生児HBV感染症のうち.HBVが自然に消失するのはごく少数（約5％）で.ほとんどは長期間の免疫抵抗性の後.免疫消失.不活性化.そして少数のケースでは再活性化します。 しかし.思春期や成人期にHBVに感染した場合.その多くは免疫寛容期がなく.そのまま免疫クリアランス期に移行します。 その多くは自然にHBVをクリアしますが（約90〜95％）.少数（約5〜10％）はHBe抗原陽性のB型慢性肝炎を発症します。 HBeAg血清転換は主に免疫クリアランス期に自然発生し.年間発生率は約2〜15％.40歳未満.ALT高値.HBV遺伝子型AおよびBで発生率が高く.HBeAg血清転換後年間約0.5〜1.0％でHBsAgクリアランスが発生する。 慢性HBV感染者における肝硬変の発生率は.感染状態に関連しています。 免疫寛容期の患者さんは.肝線維化の進行がごく軽度か全くないのに対し.免疫クリアランス期は肝硬変の発症率が高い時期です。 肝硬変の累積発症率は.持続的に高いウイルス量と正の相関があり.HBV DNAはHBeAgやALTとは独立した.肝硬変発症を予測できるリスクファクターであることがわかった。 その他.肝硬変発症の危険因子として.アルコール依存症.HCV.HDV.HIVの共感染などがあります。 HBeAg陽性および/またはHBV DNA > 2,000 IU/ml（104コピー/mlに相当）は.肝硬変および肝細胞癌の重大なリスクファクターです。 肝細胞癌の家族歴も関連因子であるが.同じ遺伝的背景であればHBVウイルス量がより重要である。