現在のところ、B型肝炎マイナーIIIを完全に陰性化させる薬剤はありませんが、臨床的には抗B型肝炎ウイルス薬（エンテカビルなど）を用いてウイルスの複製を阻害し、臨床的治癒を得ることができます。
B型肝炎抗ウイルス薬には、主にインターフェロン、ヌクレオシドアナログ（エンテカビル、テノホビルなど）などがありますが、通常、抗ウイルス治療には少なくとも1年以上と比較的長期間を要し、治療期間中も定期的にB型肝炎5項目、B型肝炎ウイルスDNA量、肝機能、肝臓画像診断などを検討し、患者さん自身の状況に照らし合わせて薬剤の中止時期を判断したり、薬剤の副作用を観察したりする必要があります。
また、定期的なウイルス療法を行っても、B型肝炎の完全転化の可能性は小さく、一般にB型肝炎治療の目的は、ウイルス複製を可能な限り抑え、検出できない範囲にコントロールすると同時に、完全に陰性化することよりも、病態の遷延、肝線維化、肝硬変、さらには肝がんなどを回避することにあり、B型肝炎ミニ三陽を治す薬は今のところありません。
患者は定期的に病院へ行き、医師の指導の下、関連検査を改善し、病状を明らかにし、系統的で規則的な治療を行い、経過を観察する必要がある。 薬剤の選択と使用は医師の指導のもとで行うべきであり、自己流で行うべきでない。