抗原に初めて触れた静止状態の成熟B細胞は増殖し.免疫グロブリン受容体の可溶型を合成する抗体産生形質細胞へと分化する。血清およびその他の体液中では.抗体産生は主に形質細胞由来である。抗原活性化B細胞は.最初に抗原にさらされた後（初期反応）.分化して可溶性IgMを産生する。この初期活性化には.B細胞を活性化するTリンパ球（後述）の “助け “が必要である。活性化後.一部のB細胞は免疫グロブリンのクラスをIgMから別の形態（IgG.IgAなど）へと変化させる。この現象は免疫グロブリンのクラススイッチングと呼ばれ.抗原結合性重鎖のV領域をコードする遺伝情報と別の重鎖のC領域をコードする遺伝情報がずれたDNAセグメントの組み換えにより.元のIgMと同じ抗原結合性（同じV領域）を持ちながら.異なる免疫学特性を持つ新しい重鎖が作られることになる。 抗原にさらされたB細胞は.一部は抗体産生形質細胞へ.一部はメモリーB細胞へ分化する。このメモリーB細胞は.抗原を認識するために長寿命であり.体が抗原に再びさらされたときに迅速な免疫反応を起こします。このメモリーB細胞が.ワクチンの効果を長期間持続させる役割を担っています。 Tリンパ球 Tリンパ球は.適応免疫系におけるもう一つの重要なリンパ球集団である。T細胞前駆体は骨髄に由来し.胸腺で成熟T細胞へと発達する。成熟T細胞は.重要なメディエーターである可溶性サイトカインを分泌・生産する。T細胞は.ヘルパーB細胞の活性化.病原体に感染した細胞や腫瘍細胞に対する細胞障害作用の生産など.多くの重要な機能を有している。 T細胞は.免疫グロブリンに類似した表面抗原受容体を発現しているが.いくつかの性質が異なっている。まず.T細胞表面抗原受容体は.アミノ末端のV領域とカルボキシ末端のC領域からなるα鎖とβ鎖がジスルフィド結合したもので.免疫グロブリンと同様に抗原認識に関わるものである。しかし.これらの組換え遺伝子断片は別個のものである。また.B細胞と同様に.この遺伝子再編成は胸腺におけるT細胞の発生過程で起こるが.T細胞の抗原受容体はクラススイッチングを起こさず.可溶性抗原受容体を分泌することもない。 T細胞による抗原認識はB細胞のそれと異なり.まず天然抗原の組み合わせによりB細胞の活性化が可能となるが.T細胞が認識・活性化されるためには.他の細胞種による抗原の表面への提示が必要となる。このような細胞は抗原提示細胞（APC）と呼ばれ.樹状細胞.マクロファージ.B細胞など.いくつかの種類の細胞がAPCとして働くことができる。次に.T細胞は天然抗原を認識せず.APCが本来の抗原を提示することによって生じる.アミノ酸8～20個の短いペプチドのみを認識する。APC内では.抗原はタンパク質ヒドロラーゼによって複数の小さな短いペプチドの断片に分解され.APCの表面にある主要組織適合性複合体（MHC）に結合して運ばれる。APCは.複雑な遺伝子群を持ち.抗原性の短いペプチドをT細胞に提示するタンパク質産物をコードしている。抗原性ショートペプチドは.複合体中のMHC分子と結合して初めて.T細胞表面の抗原受容体に認識される。この特異的な認識機能により.T細胞の認識プロセスは二重特異性あるいはMHC制限性となる。