結核検査は結核の診断を確定する最も特異的な方法であり.喀痰中の結核菌の所見が結核診断の主な根拠である。 非定型マイコバクテリアがまだ少ない中国では.塗抹抗酸染色顕微鏡検査は迅速で簡単であるため.抗酸マイコバクテリア様菌が見つかれば結核の診断は基本的に確定する。 直接厚膜塗抹標本は薄層塗抹標本よりも陽性率が高く.一般的に用いられている。 蛍光顕微鏡検査は大量の検体を迅速に検査するのに適している。 喀痰がない場合.または咳をしない子どもでは.早朝の胃洗浄で結核菌を探すことができ.フィブリノスコピーやシャブの汁からも結核菌を検出できることが認められている。 喀痰が陽性であれば.病巣が開いていて感染していることを示す。 排泄される桿菌の量が多ければ（1mlあたり10万個以上）.直接塗抹陽性になりやすく.痰の量が少なければ（1mlあたり1万個以下）.採取法が利用できる。 培養法はより正確で.結核菌の増殖能力の有無を知るだけでなく.薬剤感受性試験や菌型の同定にも利用できる。 M.tuberculosisの増殖は遅く.修正Roche培地を用いた報告には通常4～8週間かかる。 培養は時間がかかるが.正確で信頼性が高く.特異的である。塗抹標本が陰性の場合.あるいは診断に疑問がある場合には特に重要であり.培養株の薬剤感受性試験をさらに行うことで.特に再治療が適応となる場合の治療の参考となる。 検体は試験管内でポリメラーゼ連鎖反応（PCR）により増幅され.桿菌に含まれる微量のDNAが電気泳動により検出される。 この方法は.試験管内での前培養を必要とせず.特異性が高く.2日で報告でき.迅速かつ簡便で.桿菌の種類を特定することができるが.欠点は偽陽性または偽陰性を生じる可能性があることである。 <欠点は偽陽性や偽陰性が起こりうることである。