新生児低酸素性虚血性脳症の後遺症の確率は約20～30％で、その予後はアプガースコアと重症度に関係する。 中国における新生児低酸素性虚血性脳症の発生率は1,000人あたり3～6人で、そのうち15～20％が新生児期に死亡する。 生存者のうち約20％～30％は、運動障害や知的発達障害、脳性麻痺、てんかんなどのさまざまな程度の神経学的後遺症を残す可能性がある。 Apgarスコアが3以下で15分以上持続するもの、けいれん、意識障害、脳幹症状が1週間以上持続するもの、脳波異常が持続するものなどは死亡率が高く、さまざまな程度の後遺症を残すことが多い。 安定化後は早期のリハビリテーションが推奨される。