バチルス陰性結核の診断基準は以下の通り。結核の典型的な臨床症状と胸部 X 線・CT 所見 ②有効な抗結核療法 ③他の非結核性肺疾患の臨床的除外 ④ PPD 検査強陽性.血清抗結核抗体陽性 ⑤喀痰検査 PCR・プローブ検査陽性 ⑥肺外組織病理学的所見 肺外病理組織検査 ⑦気管支肺胞洗浄液（BAL）中のマイコバクテリウム・アシドフィルス検出 ⑧気管支または肺の病理組織検査で結核病変が確認された場合 ⑨喀痰検査（PCR.プローブ検査）陽性 から⑥の3つ.または⑦から⑧のいずれか1つを満たせば診断確定となる。