一般に.昏睡状態が長く続けば続くほど.機能的な変化ではなく.脳の構造的な損傷である可能性が高くなります。 昏睡を引き起こす構造的脳損傷は.通常.大きな破壊的または占拠的病変（例えば.出血.梗塞.外傷.腫瘍.感染など）であり.直接的または間接的（例えば.脳ヘルニアにつながる二次的脳構造変位）に非特異的上行性網様体系が関与している。 昏睡は通常.神経細胞膜の興奮性の遮断（例：電解質異常.酸塩基平衡異常.高張または低張状態.高血糖.全般てんかん発作.脳挫傷.薬物過剰摂取.中毒）またはシナプス伝達（例：肝臓.腎臓.肺.膵臓の臓器不全.肝性昏睡の発生.アゾ血症.高炭酸ガス血症.アシドーシス.ならびに毒性代謝産物の蓄積および偽神経伝達物質の産生）により引き起こされる。 注意深い病歴聴取と.刺激に対する患者の反応.呼吸パターン.瞳孔・眼球運動.脳幹反射の観察により.通常.昏睡の一般的な解剖学的部位と病因が特定される。 昏睡中の神経反射の消失または回復の連続的変化.および昏睡の程度と可逆性速度によって.昏睡の性質が構造的病変であるか代謝障害であるかを決定するのに役立つ。 Levyらは.非外傷性昏睡では.24時間後も瞳孔光反射がなく.72時間後も痛覚刺激に対する運動反応がなく.7日後も眼球運動がないことから.患者が生存する可能性は低いことを示唆するとしている。 Hamelらは.前向きコホート研究を用いて.2ヵ月時点で死亡（69％）および重度障害（20％）であった非外傷性昏睡患者596人（平均年齢67歳.心停止31％.脳卒中36％）を調べた。 彼は.患者登録3日目に検査された5つの臨床変数が.非外傷性昏睡の2ヵ月死亡率と独立して関連していることを発見した：脳幹反射異常.疼痛刺激の非回避.言語反応の欠如.血中クレアチニン値132.6umol/L以上.年齢70歳以上であり.補正オッズ比（OR）はそれぞれ3.2.4.3.4.6.4.5.5.1であった 4-5個の変数を含む症例では.2ヵ月後の死亡率は97％であった。 脳幹反射の異常や痛みに対する運動反応の欠如は.いずれも2ヵ月後の患者の死亡率や重度障害率をより正確に予測した（96％）。 全身性の代謝異常病変では.昏睡は徐々に起こり.通常は局所神経学的徴候はなく.光に対する瞳孔反射が保たれていることが特徴である。 時に.ある種の薬物中毒（例.オピオイド.抗コリン薬の過量投与）では.瞳孔光反射の減弱または消失がみられることがあるが.通常は左右対称である。 一旦主原因がコントロールされると.神経学的障害は急速に.あるいは劇的に改善するが.疾患の後期に不可逆的な脳の構造的損傷が合併している場合は別である。