微生物によって引き起こされる疾患は異なるし.微生物が生体にダメージを与える過程も異なる。 結核.肝炎.エイズ.いぼ.ハンセン病.尿道炎などの慢性感染症はよく知られている。 多くの微生物は免疫反応によって完全に除去されることはないが.そのほとんどは我々人間にとって致命的なものではない。 これらの微生物は何百年.何千年もの間.集団の中に存在し続け.高度に進化し.ヒトの免疫システムと妥協した状態に達している。 私たち人間と共存することを学び.私たちに依存し.生き残るために私たち人間を利用しているのだ。 例えば.淋菌は細菌毛タンパク質のような多くの可変抗原を持ち.それらはいくつかの異なる遺伝子によってコードされているが.発現できるのはそのうちの1つだけである。 サイレンシングされた遺伝子は.バクテリオロドプシンプロモーターの下流で活性化された遺伝子に随時取って代わる。 こうして.淋菌が特異的な免疫攻撃を回避するのを助けることができる。 梅毒の原因となる青白いスピロヘータは.その表面に私たちヒトの分子を内包しており.またこれらの分子は組織に感染した後にのみ排出されるため.有効な体液性免疫は発達しない。 対照的に.いぼの原因となるHPVは.身体の免疫系による認識を引き出すことが難しいため.免疫反応を起こすことはほとんど不可能である。