1.感染症：造血幹細胞移植を受けた後は.免疫機能の抑制により感染症の発生確率が著しく高まり.その発生率は50～80％と言われています。 感染性病変は体のどこにでも発生し.移植手術の合併症.潜在的感染因子の活性化.環境中の新しい病原体への暴露などから生じる可能性がある。 感染症の原因となる病原体には.細菌.真菌.ウイルス.寄生虫などがあります。 感染症は.現在.移植を受けた人の長期生存に影響を与える主な要因の1つとなっています。 2.移植片失敗：造血幹細胞移植の初期合併症の中で最も深刻なものの一つである。 移植片がうまく移植されないと.造血再建がうまくいかず.臨床的には骨髄の空洞や低形成.感染症や出血の合併症.管理困難.高い死亡率などを伴う重篤な完全血液像の低下を呈します。 しかし.移植技術の継続的な進歩により.現在では移植片不全の発生率は5％以下あるいはそれ以下にまで低下している。 移植片対宿主病（GVHD）は.造血幹細胞移植の主要な合併症であり.ドナーとレシピエントの免疫原性の違いに関係する死因の一つです。 慢性GVHDは.自己免疫疾患に似た全身性の疾患で.多くの場合.複数の臓器が侵されます。 4.出血性膀胱炎：造血幹細胞移植の代表的な合併症の一つで.前治療に使用した化学療法剤による膀胱粘膜の損傷が原因となります。 現在では.移植時の予防薬の適用により.出血性膀胱炎の発生率や重症度は低いレベルにまで低下しています。 5.長期的な併存疾患：主に呼吸器・肺疾患.甲状腺機能低下症.性腺機能低下症.白内障.二次腫瘍などを伴う。 これらの併存疾患は.主に移植過程における放射線治療や化学療法の毒性副作用によるもので.高い確率で発生するものではありません。