使用の原則：便検査の結果に応じて選択し.どのタイプの細菌叢が減少しているか.次にそのタイプの細菌叢を補充します。抗生物質の使用を止めるようにします。
抗生物質は微生物製剤中の生きた細菌を殺す効果があり.この2つは一般的に同時に使用すべきではありません。もし抗生物質を使用しなければならない場合は.LOTOL.YILOなどの抗生物質に影響を受けず.微生物製剤を選択するべきです。もし選択すべき適した製剤がなければ.できるだけ長く2種類の薬剤を飲むべきであります。 適当な製剤がない場合は.2種類の薬剤をできるだけ離して服用する。 一般に.ミクロエコロジー製剤（エコリなどの生理的真菌を除く）は.抗真菌製剤と同時に使用することができる。 併用製剤は.単品製剤よりも効果が高い。 微生物生態学的製剤は他の治療法と併用すること：微生物生態学的製剤は.単純な腸疾患であっても病因論的治療や対症療法と併用することが多く.鎮痙・止瀉・補液の役割と併用することが必要な場合がある。 抗生物質の合理的使用の原則：可能な限り少量で使用する.少量で目的を達成できる場合は大量に使用しない.可能な限り狭いスペクトルの抗生物質を使用する.狭いスペクトルの抗生物質で効果が得られる場合は広いスペクトルの抗生物質を使用しない.できるだけ経口投与を避ける.全身および腸外感染に対しては.できるだけ経口投与せず注射経路を用いる.嫌気性菌を保護しようとする.嫌気性感染の証拠がない場合は.殺生効果のある薬を使用しないようにする 抗生物質を使用して腸内微小生態系バランスを乱した場合.微小生態系バランスを回復させるために.できるだけ早く微小生態系製剤を投与すること。 浙江大学医学院小児病院消化器科 楼金
従来の見解では.プロバイオティクス製剤は極めて安全であるとされてきた。 近年.心内膜炎.菌血症.血液.局所感染巣からビフィズス菌や乳酸菌が検出されるという文献が報告されている。 プロバイオティクス製剤の安全性に影響を与える要因として.（1）プロバイオティクスの病原性・感染性：プロバイオティクスは一般に病原性を持たないが.菌転位後に病原性を持つ場合があり.菌転位は一般患者のプロバイオティクス摂取では起こらないが.免疫抑制剤.免疫不全患者.感覚を失った動物では起こる場合がある（2）代謝物の毒性：現在ビフィドバクテリアとラクティスには病原性を持つ物質はないと報告されている。 3）耐性プラスミドのデリバリーの問題：Enterococcus faecalisはバンコマイシン耐性プラスミドをデリバリーする（4）プロバイオティクスには血小板凝集作用や粘膜分解作用がある（Jett et al.