HFMDの発症は.発熱を特徴とする前駆期から始まります。 発熱はさまざまな症状を伴い.子どもによっては高熱のために熱性けいれんを起こすこともあり.重症化することもあります。 その他.頭痛.咽頭痛.精神状態の不良などがあります。 HFMDでは.発疹が峡部に現れ.それが破れて嚥下時に顕著な咽頭痛を生じることがありますが.この症状は発疹が現れる前の前駆期に現れることがあります。 発疹は主に手足やお尻の皮膚にでき.発疹と発疹の間の皮膚は普通の色をしていることもあり.発疹は通常破れることなく痂皮（かさぶた）となって薄くなっていきます。 発疹は通常.発熱後1〜2日で現れ.発疹が現れてから2〜3日.あるいは4日目にも新しい発疹が出続けることがありますが.ほとんどの子どもは4日目以降.新しい発疹は出ず.既存の発疹は次第に薄くなっていきます。 通常.この時期には子供の体温は平熱に下がり.1週間ほどで症状は完全に消失します。 重症のHFMDでは.3日目.4日目になっても体温が下がらず.上昇を繰り返し.眠気.頭痛.パニック発作.手足の震えなど中枢神経系に影響を与える症状が現れる子供もいます。