慢性便秘の原因は複雑で.主に2つのカテゴリーに分類することができます：まず.二次性便秘です。 二次性便秘の一般的な原因としては.低繊維食.腸腫瘍.薬物.代謝・内分泌疾患.全身疾患.神経疾患.精神疾患などの特定の疾患が挙げられます。 便秘の原因となる明確な二次的要因や疾患が見つからない場合は.原発性便秘（または機能性便秘.特発性便秘）と診断される。 病的変化により.原発性便秘症または機能性便秘症は以下の3つのタイプに分けられる：(i) 大腸伝達機能障害-遅発性便秘症 このタイプは大腸脱力症としても知られ.腸内容物が結腸および直腸の近位端から遠位端まで通過する時間が通常より遅いことを指す。 この病型は若年および中年女性（平均発症年齢25歳）にみられ.排便回数の減少.排便回数の減少および硬い便.肛門検査で便が出ない.または硬い便が出るが.外肛門括約筋は正常に収縮して便を出そうとする.胃または結腸全体の通過時間が長い.バルーン排出試験や肛門マノメトリーが正常であるなど出口閉塞型便秘の所見がないなどの特徴がある。 腸内容物の通過が遅い患者の中には.食餌培養が関係している場合もあるが.ほとんどの患者では.このタイプの病態生理学的メカニズムは現在のところわかっていない。 マノメトリー研究では.大腸動態の低下が大腸伝達機能障害の原因であることが示唆されている。 最新の顕微鏡技術を用いた遅発性大腸伝達の基礎となる病変の研究では.腸管間筋叢の異常や腸管神経伝達物質の変化.例えば神経フィラメントタンパク質の凝集体の蓄積や間質過形成.抑制性神経媒介物質である一酸化窒素（NO）や血管作動性腸管ペプチド（VIP）の増加などが明らかにされており.これらはすべて大腸運動障害と関連している可能性がある。 n）大腸脱力：高振幅の伝達性収縮の減少に伴うもので.通常.蠕動運動は大腸内容物が集団運動を行うメカニズムであると考えられている。 従って.この蠕動運動の欠如は.右半結腸に残便塊が長期間滞留することで明らかになる。 n 終末結腸運動の障害：正常な状況下では.終末結腸運動は腸内容物の移動に対する機械的障壁を形成する。 このタイプの便秘では.腸内容物の通過が遅いために結腸の充満が遅くなり.その結果.直腸の反応性が低下.あるいは鈍くなる。 同時に.腸内容物中の水分が過剰に吸収されるため.便が乾燥し.排便困難が悪化する。 (ii)排出口閉塞性便秘 このタイプは.しばしば “排出口閉塞”.”排出口閉塞 “または “排出口閉塞”.”肛門痙攣 “または “骨盤底機能障害 “とも呼ばれる。 「または「骨盤底機能障害」。 機能的出口閉塞を引き起こす異常には.横筋機能障害.直腸平滑筋動態.直腸知覚障害.内肛門括約筋機能障害.直腸内粘膜や全直腸内コンジローマなどの一時的な解剖学的閉塞.直腸前方膨張.仙骨直腸分離.骨盤底ヘルニアなどがある。 このタイプの便秘患者では.便秘発症前に経膣分娩や骨盤内手術の既往があることがある。 排便反射が低下または消失している患者もおり.これにより排便に対する直腸の感受性が低下し.直腸内に便塊が蓄積して便秘になる；排出口閉塞の他の原因としては.会陰降下症候群や腹筋の筋力低下がある。 しかし.機能的出口閉塞には多くの基礎因子が関与している可能性があり.それらと慢性便秘との因果関係を確立することは困難である。 さらに.機能性出口閉塞の主な原因因子は患者によって異なり.多くの患者は単一の病変では説明できない。各患者の便秘の根本原因を理解するためには.得られた所見を詳細に分析する必要がある。 出口閉塞型の便秘は.結腸内を通過する時間は正常であるか.わずかに遅い程度であるが.直腸内に残留物が過剰に貯留していることが特徴である。 この場合.腸内容物を直腸から完全に排出することはできない。 患者はしばしば.排便時のいきみ.不完全な排便感または落下感.排便量の少なさ.排便衝動または衝動の欠如を呈する；肛門指診では直腸内に多量の泥状便が認められ.力を入れた排便時に直腸外括約筋が逆説的収縮を示すことがある；総消化管通過時間または結腸通過時間は正常で.ほとんどのマーカーは直腸内に留まっている；肛門内圧測定では力を入れた排便時に肛門括約筋の逆説的収縮が認められることがある あるいは直腸壁の感覚閾値の異常が認められる。 このタイプの患者は.時間のかかる排便.激しい排便.不完全な排便を訴えることが多い。 (iii) 混合型：大腸伝達機能障害と機能的出口閉塞が合併しており.両方のタイプの便秘の特徴を有する。 上記の3つのタイプは機能性便秘に適しているが.糖尿病.強皮症.薬剤性便秘などの他の病態による慢性便秘にも適しており.そのほとんどは緩徐伝達型である。 便秘優位型の過敏性腸症候群（IBS）：腹部不快感または腹痛を特徴とし.便習慣の変化や便通異常を伴う慢性機能性腸疾患で.バリウム注腸検査や大腸内視鏡検査で病変はみられず.全身性疾患の所見もない。 過敏性腸症候群の便秘型は.出口機能障害と緩慢な通過性の便秘を合併することがあり.若い女性に多く.腹痛を伴うことが最も顕著であるが.大腸通過時間は健常人と同程度であることがある。 このタイプは排出障害と併発することが多いので.便秘が主体の過敏性腸症候群と排出障害単独との鑑別には注意が必要である。