米国では.1万個の腫瘍の遺伝的特徴を明らかにする大規模プロジェクトが正式に終了しました。 2006年に1億ドルのパイロットプロジェクトとして開始されたThe Cancer Genome Atlas（TCGA）は.現在.国際がんゲノムコンソーシアムの最大の構成要素となっており.16カ国の科学者が.がんに関連する約1000万の変異を特定しました。 今問題になっているのは.次に何をするかということです。 研究者の中には.引き続き配列決定に専念したいと考える人もいれば.すでに特定された変異ががんの形成や発生にどのような影響を与えるかを探るために.研究を拡大したいと考える人もいます。 ニューヨーク州コールド・スプリング・ハーバー研究所の所長であるブルース・スティルマンは.”TCGAの完成は勝利を宣言するものだ “と述べている。 そして.「あるがんに対して.それに関連する新たな変異が常に発見されることになる。 問題は.コスト・ベネフィット比はどうなのか.ということです。” スティルマンは.このプロジェクトに早くから賛同していたが.研究者の中には.このプロジェクトによって個人の研究資金が失われることを懸念する声もあった。 当初3年間の予定だったプロジェクトは.最終的に5年以上のプロジェクトに拡大されました。 2009年.TCGAは米国国立衛生研究所（NIH）から1億ドル.世界的な不況の中で米国経済を刺激しようとする奨励金から1億7500万ドルを追加で受け取った。 このプロジェクトは.当初はうまくいきませんでした。 当時のシーケンス技術では.急速冷凍された新鮮な組織しか対象にできなかった。 しかし.ほとんどの臨床生検はパラフィンに固定され.病理医によって染色されていた。 メリーランド州ベセスダにある国立がん研究所（NCI）のがんゲノム室長であるルイス・スタウト氏は.新鮮な組織サンプルを探し.その費用を負担することが.このプロジェクトの最大の出費であったと指摘している。 さらに問題なのは.データの複雑さである。 一部の突然変異が癌の発生に寄与することはあっても.腫瘍間の共通性が少ないことに加え.ほとんどの突然変異が目まぐるしい遺伝子異常の寄せ集めを形成している。 特定の変異に対する薬物検査は.しばしばすぐに別の問題に行き着く。がんはしばしば急速に耐性を獲得するが.これは一般に.異なる遺伝子の活性化を利用して.治療によってブロックされた細胞プロセスを迂回することによって達成される。 メリーランド州ボルチモア.ジョンズ・ホプキンス大学 メリーランド州ボルチモアにあるジョンズ・ホプキンス大学のがん遺伝学者Bert Vogelstein氏によれば.こうした困難はあるものの.がん研究のほぼすべての側面でTCGAの恩恵を受けている。 データを利用して.研究者は腫瘍を分類する新しい方法を考え出し.これまで認識されていなかった薬剤標的や発がん性物質を発見している。 しかし.一部の研究者は.この配列決定結果がまだ多くの情報を提供できると考えている。 昨年1月.21の癌の変異データを統計的に分析した結果.研究者は配列決定結果から臨床的に有用な変異を特定できる可能性がまだあることが示された。 昨年12月2日.Staudt氏は.TCGAが完成したら.NCIは卵巣がん.大腸がん.肺がんの3つのがんのシーケンスに集中することを発表した。 その後.この追加作業の結果を評価し.さらに多くのがんをシーケンス軍団に加えるべきかどうかを決定する予定です。 しかし.今回の研究では.患者さんの健康状態や治療歴.治療への反応など.詳細な臨床情報を統合することができるようになります。 というのも.研究者はパラフィン包埋サンプルを入手できるようになったので.過去の臨床試験のデータを掘り起こし.変異が患者の予後や治療効果にどのように影響するかを研究できるようになったからである。 Staudt氏によると.NCIは.TCGAが確立した方法と解析経路を用いて.臨床試験でシーケンスサンプルを収集することを求めるイニシアチブを立ち上げる予定である。 カナダのトロントがん研究所のトム・ハドソン所長は.国際がんゲノムコンソーシアムの残りの作業も同様の方法を取る可能性が高く.第2ラウンドのプロジェクトの計画は今年2月に発表されるだろうと述べています。