すべてのマイコプラズマ感染症に耐性を持つ人は多くない。 マイコプラズマの種類は非常に多様で、主に肺炎マイコプラズマ（Mycoplasma pneumoniae）、ホミニス・マイコプラズマ（Mycoplasma hominis）、リゾデイック・マイコプラズマ（Mycoplasma lysodeikticum）、性器マイコプラズマ（Mycoplasma genitalium）などがあり、それぞれ肺炎や泌尿生殖器感染症の原因となる。 一般にマイコプラズマ感染症は、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、アジスロマイシンなどのマクロライド系抗生物質で治療する必要がある。 レボフロキサシン、ガチフロキサシン、モキシフロキサシンなどのキノロン系抗生物質もマイコプラズマに有効である。 テトラサイクリン系抗菌薬も肺炎マイコプラズマ感染症の治療に一役買う。 肺炎マイコプラズマには細胞壁がないため、ペニシリンやセファロスポリンなどの薬剤は無効である。 多剤耐性や全薬剤耐性が生じた場合は、免疫増強薬の使用が推奨される。 咳止めなどの他の対症療法薬と併用することで、痰を解消することができる。 上記の薬は医師の指示に従って使用する。