ボツリヌス食中毒の後、吐き気、嘔吐、眼筋や咽頭筋の麻痺などの中枢神経症状が主な臨床症状である。 ボツリヌス食中毒が発生したら、速やかに嘔吐させ、鎮静剤を適切に投与し、あるいは胃洗浄や浣腸を行い、治療する必要がある。
1.速やかな嘔吐：ボツリヌス食中毒では速やかな嘔吐が必要で、胃の中の毒を排出させるために、舌圧子で舌を押し、綿棒でのどを刺激して、患者に嘔吐反射を起こさせ、胃の中の食物や水分を吐かせる。
2.適切な鎮静剤：中毒反応により、神経伝達物質アセチルコリンの放出が阻害され、筋収縮障害や眼筋・咽頭筋の麻痺などの症状が現れることがある。 この時、安静を厳守し、麻痺症状の悪化を避けるため、適切な鎮静剤を投与する。
3.胃洗浄と浣腸：食後4時間以内に5％炭酸水素ナトリウムまたは1：4000過マンガン酸カリウム溶液を胃洗浄と浣腸に使用し、胃腸内容物を洗い流して毒素を完全に除去することができる。
また、呼吸困難などの緊急時には、喉頭筋麻痺による呼吸困難を緩和するため、直ちに気管切開を行う。 ボツリヌス食中毒に罹患した場合は、一刻も早く病院を受診し、専門的な治療を受けることが治癒率を高め、後遺症の発生を抑えるために重要である。