近年.偽膜性腸炎患者の糞便から分離されたClostridium difficileは.細胞毒素（毒素B）と腸毒素（毒素A）を産生し.前者は偽膜性腸炎の重要な病原因子であることが明らかになっている。これらの毒素はいずれもハムスターに致死的な回盲部腸炎を引き起こすことがある。毒素は.局所的な腸粘膜血管壁の透過性を亢進させ.組織の虚血や壊死を引き起こし.粘液分泌や炎症細胞による偽膜の形成などを刺激することがある。健康人の便中におけるClostridium difficileの陽性率は約5％.入院患者の保菌率は約13％.無症状のクロノルキア症患者の保菌率は約8％とされています。新生児の50％.乳児の15％〜40％では.糞便中に菌が分離され.毒素の産生まで見られるが.病原性はない。
Clostridium difficileは嫌気性のグラム陽性菌で.約6〜8×0.5μm.菌体は大きく卵形で.体の上部に位置している。動物実験では.乳酸菌はこの菌の毒性を弱め.他のクロストリジウム・ディフィシルはその毒性を強くします。
広域抗生物質.特にリンコマイシン.クロラムフェニコール.アミノベンジルペニシリン.ヒドロキシベンジルペニシリンなどの適用後.腸管の正常菌相が阻害されるので.クロストリジウム・ディフィシルが急速に増殖し毒素を出して病気を起こすことができるのです。また.手術後.特に消化器癌の手術後.その他.腸閉塞.悪性腫瘍.尿毒症.糖尿病.心不全.敗血症などの重篤な疾患のある患者さんにも発症することがあります。これらの場合.一般的な病気に対する抵抗力や免疫力が極端に低下していたり.抗生物質による治療が必要な状態であったり.体内環境が変化し.腸内細菌叢が乱れ.Clostridium difficileの増殖や病気を助長する。
Clostridium difficileやその毒素は病気の病原因子だが.糞便中の毒素の効力は病気の重症度には平行していない。このことは.毒素だけが重症度に影響する因子ではないことを示唆している。