口腔内の正常な細菌叢は.口腔内微小環境の動的バランスを維持しており.症状を引き起こさない場合は通常.治療の必要はない。 化膿レンサ球菌.ラクトバチルス属.アクチノバチルス属などのう蝕原性微生物が存在し.大量に増殖し.代謝して酸を産生する場合は.う蝕になりやすい。 ポルフィロモナス・ジンジバリス（Porphyromonas gingivalis）やポルフィロモナス・インターメディア（Porphyromonas intermedia）などの細菌感染の場合は.歯周病と関連している。 有害な細菌が口腔内に侵入した場合.対症療法と病原因子の除去が中心となるが.例えば乳臼歯や永久臼歯の萌出後.適時窩洞封鎖を行うことで細菌の侵入を効果的に回避することができる。 う蝕は光重合レジンやグラスアイオノマーで充填し.食物の挟まりをなくし.咬合を調整することができる。 歯周病の患者には.歯肉縁上スケーリング.歯肉縁下スクレイピング.必要に応じて歯周外科手術を行う。 コクシジオイデス真菌症は抗炎症と口腔清掃が基本である。 抗生物質は医師の指導のもと.複合クロルヘキシジンうがい薬.アモキシシリン.オルニダゾールなどを使用することができるが.すべての症例が抗生物質の適用に適しているわけではない。 日常生活では.口腔衛生に注意し.食後に口をすすぎ.時間を守って歯を磨く。 食事は軽めにし.新鮮な野菜や果物を多く摂り.甘いものは控え.辛いものや刺激の強いものは避ける。 口腔内の正常な細菌叢を破壊しないように.マウスウォッシュは頻繁に使用しない。 夜更かしをしないようにし.不快な症状が現れたらすぐに医療機関を受診する。