A型およびE型肝炎は.いずれも腸管感染症であり.主に糞口感染経路で感染します（しばしば「口から口へ」とも呼ばれます）。
糞口感染は.さまざまな方法で起こります。
このタイプの感染は.衛生状態の悪い地域や密集した住宅で起こることが多く.農村部では.特に糞便が適切に管理されていない場合に起こりやすいと言われています。
水と食物による感染が.A型肝炎の集団発生や流行の主な感染経路です。 A型肝炎ウイルスは.井戸.池.川.水道水.プールの水など.さまざまな水源に下水や糞便が混入することで感染し.流行を引き起こすことがよくあります。食品感染は.食品に直接混入したり下水で汚染されることで発生し.特にアサリ.カキ.マガキ.カニなどの水産物は.汚染に対して非常に敏感でA型肝炎の食品感染に重要な役割を果たします。例えば1988年の1〜4月に上海で流行したA型肝炎（患者数は30万人）では.1000人がA型肝炎にかかっています。
例えば.1988年1月から4月にかけて上海で流行したA型肝炎（患者数30万人）では.A型肝炎ウイルスに汚染されたアークを生で摂取したことが原因でした。
E型肝炎の主な感染経路は飲料水の汚染です。インドのニューデリーで1955年12月1日から1956年1月20日まで.人口170万人中9万7000人.うち黄疸性肝炎の患者2万9300人が大流行しましたが.疫学調査により.給水所の水源が家庭排水で深刻に汚染されていたことが確認されたと報道されています。
A型およびE型肝炎の散発的な発症は.日常的な接触が主な感染経路で.通常は汚染された手や食器.おもちゃ.寝具.衣類などを介して.直接または口からの間接的な感染で起こります。 A型肝炎は.通常.血液を介して感染することはありません。
まれに.献血者がウイルス血症の潜伏期後半にある場合に輸血後A型肝炎を起こすことがありますが.このようなケースは稀です。
A型肝炎の周産期感染は起こらず.A型肝炎の妊婦が胎児に感染することはなく.催奇形性は認められていません。
E型肝炎が腸管外経路で感染するという証拠は今のところありません。