ハエや不衛生な調理器具。 常温で保存されている食品は細菌に汚染されている可能性が高い。 冷蔵庫は4度以下.ホットキャビネットは60度以上に保ち.細菌（実際には死滅していない）の増殖と繁殖を阻止する必要がある。 ブドウ球菌やサルモネラ菌は通常.食品を扱う人から発生する。 これは特に.牛乳.加工肉.生魚.寿司を含む食品に当てはまる。 1.ブドウ球菌.大腸菌.サルモネラ菌は最も一般的な細菌である。 2.カンピロバクターは.汚染された鶏肉.肉.魚からしばしば検出される。 この細菌はしばしば下痢や激しい腹痛を引き起こす。 3.大腸菌には多くの種類があり.そのほとんどは無害ですが.数種類は新生児に急性胃腸炎を起こすことがあり.この感染症は保育所でよく蔓延します。 これは哺乳瓶の滅菌処理に関係している。 次に.ウイルス感染が胃腸炎や腸炎を引き起こすことが多い。 ロタウイルスは小児の下痢を引き起こす最も一般的な病原体である。 胃腸炎の原因となるその他のウイルスには.アデノウイル ス.エンテロウイルス.手足口病ウイルスなどがある。 植物の成長過程で生成される毒素も胃腸炎を引き起こすことがある。 例えば.イチイ.青ナス.ペチュニア.ヘパティカには毒素が含まれており.ジャガイモの塊茎の新芽にも毒がある。 ヒ素.鉛.各種農薬などの有毒化学物質。 これらの化学物質を摂取すると.数時間で発病する。 第五に.アメーバ症や鞭毛虫症などの病気も胃腸炎の症状を引き起こすことがある。