自己脂肪充填は、半顔面萎縮のような病的な脂肪減少の治療に用いることができる。
顔面半側萎縮（進行性顔面外側萎縮としても知られる）の病態はよくわかっていない。 初期症状として、顔の片側の皮膚（左側に多い）の萎縮がみられ、次第に頬骨、側頭部、顎顔面領域の皮下脂肪、筋膜、筋肉、組織に広がっていく。
この病気に対する特異的な治療法はありませんが、自家脂肪充填を行うことで基本的に正常な外見を取り戻すことができます。
よくあるリスクとしては、充填部位の凸凹、硬化、感染、液状化、さらには脂肪塞栓症などの合併症があります。 したがって、自己脂肪充填を行う必要がある人は、不必要なリスクを避けるために、通常の形成外科病院と経験豊富な技術を持つプロの形成外科医を選ぶべきです。