腫瘍マーカーの測定は.スクリーニング（現在では人間ドックに含まれることが多い）の一部として使用することができ.腫瘍の診断に一定の参考値を有しています。 また.腫瘍の治療効果のモニタリング.再発・転移のモニタリング.予後の判定にも使用することができる。 臨床的には.食道がんが疑われる患者は.CA199の検査に続いてCEAの検査を受けることを好む。胃がんが疑われる患者は.CEAとCA724の検査に続いて.CA199とCA242の検査を受けることを好む。 これらのマーカーのうち1つの異常では特異性に欠けることが多く.複数のマーカーが同時に有意に上昇することが臨床的意義が大きいが.あくまで臨床診断の参考とする。