B型肝炎の抗ウイルス薬による治療は通常何年も続き、時には生涯にわたる治療が必要になることもあります。 少数の重症患者には、病気の肝臓を健康な肝臓に置き換える肝移植が必要になることがあります。 さらに、肝がんの有無を調べるために、6ヵ月ごとに超音波検査（体内を画像化する）を受けるよう勧められることもある。 内服薬の最適な投与コースは明らかになっていない。 ヌクレオシド（酸）類似体による治療を受ける患者のほとんどは、少なくとも4～5年間の治療が必要で、中には無期限の治療が必要な場合もある。 肝硬変のある患者には長期治療が特に重要である。 肝硬変や進行性の肝線維症がなく、関連する有害事象のリスクやコストのために生涯治療を継続できないか、継続したくない患者については、以下の基準を満たす場合、治療の中止を試みることができる：HBV DNAがPCR法で3年間検出されないこと；少なくとも1年間は綿密なモニタリングに同意すること；すなわち、最初の6ヵ月間は月1回の肝機能のレビューと3ヵ月ごとのHBV DNAの検査；2年目の6ヵ月間は月1回と月1回の肝機能のレビューとHBV DNAの検査；3年目の6ヵ月間は月1回と月1回の肝機能のレビューとHBV DNAの検査；4年目の6ヵ月間は月1回と月1回の肝機能のレビューとHBV DNAの検査。 肝機能とHBV DNAの検査は、最初の6ヵ月間は3ヵ月ごと、後半6ヵ月間は3ヵ月ごとに見直す必要があり、その後、患者が非活動性キャリアの状態を維持していれば、モニタリングの頻度は6～12ヵ月ごとに減らすことができる。