機能性腹痛症候群の病因は多様であり.患者によって同じであることは稀である。機能性腹痛症候群の発症は.ほとんどが脳-消化管軸の機能障害という異なる原因によるもので.その結果.腹痛が生じるとされている。また.初期の有害なライフイベントや心理社会的ストレスも痛みの産生につながる傾向がある。遺伝的要因.器官の過敏性.特にストレスとなる出来事は.機能性腹痛症候群の引き金となることがある。患者は.腹部手術.パニック.外傷.月経困難症の既往を持つことがある。腹痛は.末梢神経の損傷や中枢神経系による痛みの調節異常によって引き起こされ.一般的には腹部の手術や妊娠・出産時の骨盤神経の損傷に関連する。また.機能性胃腸症では内臓感受性の亢進が重要な病態生理の一つである。