真菌は核と小器官を持つ真核生物であり.葉緑素を持たず.栄養手段として吸収し.菌糸や胞子を基本形として有性生殖と無性生殖を行う。 菌類は温暖多湿を好み.最適生育温度22℃～36℃.相対湿度95％～100％.最適pH5.0～6.5。菌類の細胞壁にはキチンや（または）セルロースが含まれ.外部環境の変化に強い抵抗力を持つ。 紫外線やX線は真菌を殺すことはできないが.ほとんどの真菌は100℃前後で短時間で死滅するので.煮沸消毒は経済的で便利である。 真菌は自然界のいたるところに存在し.記録されている5万から25万種の真菌のうち.人間の病気と関係しているのは200種以下である。 少数の例外を除き.ヒトの真菌感染症の原因は外部環境からで.吸入.摂取.外傷性植え込みによって獲得される。 少数の真菌が正常なヒトに病気を引き起こすが.そのほとんどは特定の条件下でのみ病原性を示し.弱った宿主に侵入する傾向がある。 現代医学の発達に伴い.広域抗生物質.グルココルチコイド.免疫抑制剤.抗腫瘍剤.臓器移植.火傷の蘇生.様々なカテーテルや挿管技術.静脈内高栄養剤の使用が増加し.患者の延命が可能になったが.長期にわたる病気により身体の抵抗力が低下し.条件付き病原性真菌による感染が著しく増加している。 宿主の体温（37℃）と低レドックス状態（組織が損傷した状態）で生存できる真菌はすべて.現在ではヒトの潜在的病原体とみなされている。 真菌は一般的に皮膚糸状菌.酵母.カビに分類される。 真菌症は臨床的には表在性真菌症と深在性真菌症に分類される。 皮膚糸状菌には主に白癬菌.ミクロスポルム菌.表皮菌が含まれる。 皮膚糸状菌はケラチン好性であり.ヒトや動物の皮膚のキューティクル.毛髪.爪甲に侵入し.皮膚糸状菌症（略称：白癬）と呼ばれる表在性真菌症や.時には皮下組織感染を引き起こすことがある。 表在性真菌症は.頭部白癬.胴部白癬.大腿部白癬.手白癬.足白癬など.基本的には体の各部位によって命名されるが.白癬菌が白癬菌を引き起こす.白癬菌が白癬菌を引き起こすなど.菌種によって命名されるものも少なくない。 酵母は単細胞真菌で.主に出芽性である。 マイコバクテリアは.培養条件下で増殖する毛髪状の菌糸を特徴とし.主にSLEやAIDSのような重度の免疫不全宿主に侵入し.深在性真菌症を引き起こす。 深在性真菌症には.皮下組織感染と全身感染がある。 一般に菌種によって命名され.皮下組織感染症ではスポロトリキア（Sporotrichia）によるスポロトリキア症.全身感染症ではカンジダ（Candida）によるカンジダ症（一部は表在性真菌症を引き起こす）.クリプトコッカス（Cryptococcus neoformans）によるクリプトコッカス症などがある。 真菌症の診断は主に臨床症状と真菌学的検査に依存するが.中でも真菌の直接顕微鏡検査と培養は決定的な価値があり.特に鱗屑や分泌物の水酸化カリウム塗抹顕微鏡検査は簡便で迅速であり.習得も容易である。 しかし.顕微鏡検査では菌糸や胞子の有無がわかるだけで.菌種はわからない。 菌株を特定するには培養が必要である。 陽性培養後.特殊な培地に移し.形態学的.生化学的.その他の特徴に基づいて菌株を同定することができる。 病変組織の病理学的検査は.特殊染色（PAS染色またはヘキサミン銀染色）により.組織内の真菌とそれによる病理学的変化を検出することができ.これは深在性真菌症の診断に重要である。