胎児の先天性心疾患の原因は、遺伝、感染、未熟児である。 先天性心疾患は家族内で発生するため、一定の遺伝的素因があり、先天性心疾患を持つ近親者がいる場合、胎児が先天性心疾患を持つ確率は通常より高くなる。 これは精子や卵子の染色体異常が関係している可能性がある。 胎児発育中のウイルス感染、特にコクサッキーウイルスや風疹ウイルスは、子宮腔内での心臓の発育を妨げ、先天性心疾患を引き起こす可能性が非常に高い。 早産児の場合、妊娠週数が小さいために胎児の心臓はまだ十分に発達しておらず、動脈の導管閉塞を伴う先天性心疾患を引き起こす可能性がある。 先天性心疾患を持つ胎児は早急な治療が必要である。