腸間膜静脈血栓症とは、腸間膜静脈に血栓ができる病気で、通常は完治することはなく、薬物療法や手術などの治療によって臨床的に治癒する。
1.薬物治療：腸壊死のない患者には、ワルファリン、ヘパリンなどの抗凝固薬、ウロキナーゼ、ストレプトキナーゼなどの血栓溶解薬を医師の指示に従い治療に使用する。 腸管粘膜が損傷している場合は、感染予防のため、メトロニダゾール、アモキシシリンなどの抗生物質をあらかじめ医師の指示に従い投与する。
2.手術：保存的治療が無効な患者、症状が徐々に集中する患者、腹膜炎の徴候がある患者は、医師と協力して腸管切除術を受ける必要がある。 血栓症の期間が短ければ、血栓除去術も考慮される。 腸梗塞のない患者には、インターベンション治療が可能な場合もある。
3.その他の治療：一般的な臨床方法としては、消化管減圧術、輸液蘇生術などがあり、腸壁の血液循環を改善し、腸管内圧を低下させる。
腸間膜静脈血栓症は再発しやすいため、患者は再発の可能性を減らすために長期間の抗凝固療法を受ける必要があり、通常は日常生活管理を強化し、期限内に経過観察を行う必要がある。