臨床的に、肛門炎の原因は多く、治療方法も異なるため、「肛門炎薬ベストテン」はなく、肛門炎患者は病気の原因を突き止め、専門の医師の指導の下、治療する必要がある。 1.伝染性直腸炎：伝染性直腸炎は抗生物質の乱用、化学薬品の不適切な使用などが主な原因であり、患者の治療には薬剤の無分別な使用を止め、実行可能な薬剤感受性検査を行って適切な抗生物質を選択し、止瀉薬、栄養補給などの対症療法を行う必要がある。 2.潰瘍性直腸炎：自己免疫疾患の一つで、直腸粘膜に潰瘍性変化が多発し、グルココルチコイド薬の浣腸、経口メサラジン、腸内プロバイオティクス、インフリキシマブなどの治療薬を使用する。 3.放射線性直腸炎：主に放射線治療後の悪性腫瘍の副反応で、抗炎症薬、出血を抑える薬、便秘を防ぐ薬を投与する必要があり、一般的にメトロニダゾール、サラゾスルファピリジン、ラクツロースなどを使用する。 上記の薬剤は、専門の医師の指導のもとで使用する必要がある。 直腸炎患者の治療は、専門医の指導に従わなければならないので、やみくもに薬を使用し、有害な結果を招かないようにしなければならない。