潰瘍性直腸炎は複雑な病因と病態を持ち、現在のところ完全な根絶は不可能である。
潰瘍性直腸炎は潰瘍性大腸炎の中でも特殊なタイプに属し、治癒までの期間が長く、再発を繰り返し、治癒が長引くという特徴を持ち、特異的な治療手段を欠くため、世界保健機関（WHO）によって現代の難治性疾患と定義されている。
現在の治療の主な目的は、症状の緩和と粘膜の治癒を誘導・維持し、合併症を予防・治療することである。 臨床的には通常、患者の重症度や病変の部位に応じて適切な治療薬が選択される。
一般的に使用される薬剤には、軽度から中等度の潰瘍性直腸炎の寛解導入と維持に使用される5-アミノサリチル酸（5-ASA）などのアミノサリチル酸製剤、5-ASAの効果が乏しい中等度から重度の患者に使用されるプレドニンなどの糖質コルチコステロイド、5-ASAの効果が乏しい患者の維持、症状の再発、ホルモン依存に使用されるアザチオプリンなどの免疫抑制剤があります。
潰瘍性直腸炎と診断された場合は、できるだけ早く医療機関を受診し、患者の状態や病期に応じて医師の指導のもと標準的な治療を行う必要があります。