下痢は短腸症候群の最も一般的な症状であり.合併症でもある。患者に下痢が生じた場合.栄養補給時には経腸栄養剤の注入速度を遅くする.栄養剤の濃度を下げる.温める.医師の処方による下痢止めの使用.腸管内容物の通過を遅らせたり胃腸の分泌を抑える薬剤の適用などの注意が必要である。不適切な食事が原因で下痢を起こす場合は.食事の構成を調整したり.食事量を減らしたり.あるいは絶食して非経口栄養に切り替えたりすることが必要である。
下痢による水電解質異常や酸塩基平衡異常に対しては.ビタミンや微量元素の補給とともに.経口または静脈からの補給が必要である。